Počítačový program uložený v hlavním počítači umožňující řízené kompletní zničení lodi či stanice pro případy, kdy hrozí její padnutí do rukou nepřítele. Jeá iniciována hlasovým příkazem a někdy také otiskem dlaně (např. lodě třídy Defiant) dvou nejvyšších důstojníků na lodi (pokud kapitán či výkonný důstojník nejsou k dispozici - a tento fakt musí potvrdit počítač - může příkaz potvrdit kterýkoliv z vyšších důstojníků až do úrovně operačního důstojníka). Po zahájení odpočtu se příkazová sekvence předá do všech místních řídících uzlů, aby autodestrukci nemohlo zabránit ani kompletní zničení jádra počítače. Odpočítávání mohou kdykoliv přerušit dva nejvyšší důstojníci.

Autodestrukce samotná sestává z primárního a sekundárního systému. Primární systém v čase T - 0 sekund odblokuje všechny bezpečnostní pojistky hlavního pohonného systému lodi (tedy warp pohonu) a dojde k simultánnímu vypuštění nádrže na deuterium a kontejnerů na antihmotu. Při následné explozi se uvolní energie přibližně 10¹⁵ megajoulů, což je ekvivalentní výbuchu nějakých 1000 fotonových torpéd. Pokud počítač zjistí, že není schopen ovládat klíčové prvky pohonného systému, nebo je oddělen talířový modul od sekundárního trupu, ve kterém je uloženo warp jádro, aktivuje počítač sekundární systém. Ten sestává z náloží rozmístěných po celé lodi včetně okolí kontejnerů na antihmotu, které jsou v čase T - 0 sekund odpáleny současně s cíleným přetížením všech fůzních reaktorů. Při následné explozi se uvolní energie přibližně 10⁹ megajoulů, což je ekvivalentní výbuchu přibližně 500 fotonových torpéd.

Kapitán Picard s komandérem Rikerem použili autodestrukční sekvenci poté, co se Enterprise-D pokusili unést Bynarové. (“11001001“ [TNG]). Znovu ji pak museli aktivovat, když bytost zvaná Nagil zajala Enterprise-D a měla v úmyslu postupně zabít až polovinu posádky. (“Where Silence Has Lease“ [TNG]). V roce 2371 použili kapitán Sisko a major Kira Nerys autodestrukční sekvenci na palubě lodi U.S.S. Defiant, když se jí zmocnil jeden ze Zakladatelů. (“The Adversary“ [DS9]). Kapitán Picard, doktorka Crusherová a nadporučík Worf aktivovali autodestrukční sekvenci na palubě Enterprise-E, aby zabránili Borgům zmocnit se lodi. (Star Trek: First Contact).